Mikroorganizma

Mikroorganizma 
01. Genel Bilgiler
Laboratuvara getirilen bir materyalde belirli bir mikroorganizma olup olmadığının aranması mikrobiyolojinin çeşitli dallarında sıklıkla ancak materyale göre değişen farklı yöntemlerle yapılan bir analizdir.
Mikroorganizma arama analizleri gıda, çevresel ve klinik materyalde genellikle patojenlerin varlığının araştırılması şeklinde iken, endüstriyel mikrobiyolojide tam tersine olarak yüksek nitelikteki izolatların elde edilmesi amaçlanır.
İstenmeyen bir mikroorganizmanın aranmasında gıda mikrobiyolojisi örneğinde olduğu gibi belirli bir miktar gıdada hedef mikroorganizmanın (örneğin Salmonella) bulunmaması yasa ile hükme bağlanmış ise basit olarak o miktardaki gıda hedef mikroorganizma açısından analiz edilir ve sonuç var ya da yok şeklinde verilir. Burada amaç belirli bir miktar analiz örneğinde hedef mikroorganizma sayısının 0 olmasıdır. Sayı 0 değil ise kaç olduğu hiç önemli değildir ve bu amaca yönelik olarak sayım yapmaya gerek yoktur. Nitekim gıdalarda Salmonella gibi patojenlerin analizinde kullanılan yöntem sayının ne olduğunu değil sadece hedef mikroorganizmanın varlığı ya da yokluğunu belirlemeye yöneliktir. Kuşkusuz gıdada Salmonella sayısının belirleneceği yöntemler de vardır. Klinik ve veteriner mikrobiyolojide de benzer şekilde hastalık etmeni aranır. Bu analizlerde örnek miktarı önemli olmayabilir. Materyalden uygun besiyerine öze ile sürmek çoğu kez yeterlidir.
Burada dikkat edilmesi gereken husus belirli bir mikroorganizmayı aramak ile ne olduğu bilinmeyen hastalık (ya da örneğin gıdada bozulma) etmeninin aranması arasındaki farktır. Bu fark doğal olarak analiz yöntemini tümüyle değiştirecek kadar büyüktür.
Belirli bir mikroorganizma aranırken sadece o mikroorganizma ile az sayıda refakatçı mikroorganizmanın gelişebileceği selektif besiyerleri, inkübasyon koşulları sağlanır. Yine gıda mikrobiyolojisinde Salmonella aranması örneğinde olduğu gibi analiz önce bir genel besiyeri ile başlayıp daha sonra selektif besiyeri aşamalarını geçirip, en son olarak katı besiyerinde tipik koloninin biyokimyasal ve serolojik olarak doğrulanması ile biterken, sularda enterokok aranması örneğinde olduğu gibi 100 ml su örneğine steril dehidre besiyeri katılıp, inkübasyondan sonra oluşan renge göre karar verilen basit analiz yöntemleri de vardır. Ne olduğu bilinmeyen, ancak hastalığın semptomlarından (ya da gıdada bozulmanın biçiminden) kuşku duyulan bir mikroorganizmanın aranması da bu şekilde yapılır. Endüstriyel mikrobiyolojide aranan mikroorganizmalar hemen hemen tümü ile belirli bir mikroorganizmanın elde edilmesine yöneliktir ve analiz yöntemi buna göre seçilir.
Belirli bir mikroorganizmanın aranmasında mutlaka selektif besiyeri kullanımı gerekli değildir. Örneğin ekstrem termofil bir bakterinin aranması amacıyla yapılan analizde genel bir besiyerinde yüksek inkübasyon sıcaklığı yeterlidir.
Ne olduğu bilinmeyen bir mikroorganizmanın aranmasında ise analiz bir genel besiyerine ekim ile başlar. Mikroorganizmanın potansiyel sayısı ve aktivitesi yüksek olarak tahmin ediliyor ise doğrudan genel bir katı besiyerine sürme yapılabileceği gibi tersine olarak materyalin özelliğine göre (örneğin kurumuş materyalde) sıvı bir genel besiyerinde canlandırma amacıyla ön inkübasyon yapılır.
Gıdalarda yapılan biyolojik stabilite testi bir anlamda mikroorganizma arama yöntemleri içinde yer alırsa da testin yapılışı ve değerlendirilmesi farklıdır.